De esta Secretaría dependen organismos con rango de Dirección General que poseen funciones específicas al respecto del control ambiental sobre todas las áreas de la ciudad de Buenos Aires y por ende también en la Cuenca.

1) Dirección General de Higiene Urbana
Esta Dirección tiene a cargo el Control, como su nombre lo indica, la higiene urbana de toda la Ciudad y fundamentalmente el control de los basurales clandestinos.
Según un relevamiento de la Coordinación Ecológica Área Metropolitana Sociedad del Estado (CEAMSE), en el conurbano bonaerense había, a octubre de 2000, cerca de 100 basurales y en la Capital Federal, una decena.
Asimismo, siempre en el mismo ámbito, se creó en el año 2000 el: Ente de Higiene Urbana 

2) Ente de Higiene Urbana
Se trata de un organismo fuera de nivel dependiente de la Secretaría en cuestión y que trabaja además con todo lo referente al control de los servicios que atañen a la basura.

3) Dirección General Política y Evaluación Medioambiental
Esta dirección es la Autoridad de Aplicación de la ley 123 que regula el procedimiento Técnico Administrativo de la Evaluación de Impacto Ambiental.
Este procedimiento es de cumplimiento obligatorio para todos aquellos emprendimientos, ya sean públicos o privados que puedan producir Relevante Efecto Ambiental en la Ciudad de Buenos Aires (art. 30 CCABA).

4) Área de Gestión de la Ribera
Esta área está trabajando en un programa denominado “Buenos Aires y el Rió”, donde se intenta incorporar el Río de la Plata y el Riachuelo a la vida diaria de los porteños. Esto implica entre otros puntos la gestión ambiental de la cuenca.