Sus funciones son las de:

 - Implementar y ejecutar programas de obras destinados al mantenimiento, mejora y ampliación de la infraestructura hidráulica a fin de lograr una mejor utilización y preservación del recurso.
- Propiciar y ejecutar programas de obras de interés provincial en vías principales de navegación, en sus aspectos técnicos y financieros acorde a la ley 10.106 que no competan a la jurisdicción de Puertos Provinciales, Municipales y/o privados.

Esta Dirección Operativa se divide asimismo en tres departamentos según la ubicación geográfica: Región Norte, Región Sur, y Conurbano y Delta.

Por último, depende directamente de la Dirección Provincial de Hidráulica el Departamento Programación e Inversiones, que tiene la misión de elaborar anualmente en base a las pautas que establezcan los organismos competentes el presupuesto general de la repartición y planificar las inversiones de las obras a ejecutar por la repartición.
Asimismo, la Ley Provincial 10.106 regula los estudios, anteproyectos, proyectos, ejecución y financiación de las obras de drenaje rurales, desagües pluviales urbanos, dragado y mantenimiento
de cauces en vías navegables, dragado de lagunas y otros espejos de agua y su sistematización así como cualquier trabajo relacionado con el sistema hidráulico provincial.
Conforme a esta norma el Ministerio de Obras Públicas tiene a su cargo la vigilancia, protección, mantenimiento y ampliación del sistema hidráulico provincial por lo cual la ejecución de cualquier trabajo que pueda afectar el equilibrio de dicho sistema requerirá la intervención técnica del organismo de aplicación.
La ley también realiza una distribución de competencias entre la Provincia y las Municipalidades, según que las obras o el recurso abarque más de una jurisdicción respecto de: drenajes rurales, desagües pluviales urbanos, vías navegables o lagunas y otros espejos de agua.