La Prefectura Naval Argentina tiene entre sus objetivos, la protección del medio ambiente en lo atinente a derrames contaminantes en los cursos de agua. La Ley 22.190, en su art. 6° dispone que “la Prefectura Naval Argentina tendrá a su cargo la ejecución de las medidas para combatir la contaminación y efectuar la limpieza de las aguas en jurisdicción nacional, que no estén a cargo de la Administración General de Puertos.