Mediante el Decreto 148/2001 se transfiere la Dirección de Control de la Contaminación del ex INAA a la ex Secretaría de Desarrollo Sustentable y Política Ambiental, actual SA y DS, con lo cual, el poder de policía retorna a dicha Secretaría. Asimismo, se modifica su denominación por la de Instituto Nacional del Agua (INA).El decreto en cuestión dispone también, al creación de una Comisión Coordinadora,integrada por dos representantes de la actual SAyDS, dos representantes de la Subsecretaría de Recursos Hídricos de la Secretaría de Obras Públicas del Ministerio de Infraestructura y Vivienda y dos representantes del INA, cuya función es elaborar las pautas para coordinar, en forma conjunta, las actividades actualmente en desarrollo.
El INA continúa funcionando como organismo descentralizado de la Subsecretaría de Recursos Hídricos con la conformación del órgano directivo del ex INAA, y a través de su laboratorio, presta servicios de química analítica a la SAyDS para la realización de los análisis que surjan de las actividades que realiza la Dirección de Control de la Contaminación, ajustándose a las capacidades y a las normas de financiamiento de los costos internos del instituto.

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